Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，界面十分友好，即使初学者也很容易上手。并且它能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换为Mega数据格式的程序。Mega可用于序列对比、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。还可以通过NCBI进行序列的比对和数据的搜索，是一款免费软件。

Mega构建系统进化树的步骤：

1.要将用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致。2.打开Mega软件，选择"Alignment"-"Alignment Explorer/CLUSTAL",在对话框中选择Retrievesequences from a file,然后点击OK,找到准备好的序列文件并打开。3.在打开的窗口中选择“Alignment”-"Align by ClustalX"进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。4.关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次是否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title,然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data,根据情况选择yes or no。最后出现一个对话框询问是否打开，选择yes。5.回到mega主窗口，在菜单栏中选择"Phylegeny"-"Bootstrap Test ofPhylogeny"-"Neighbor-joining",打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的Mega说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮,系统进化树就画出来了。6.在菜单栏中选择“Phylogeny”-"Bootstrap Test Of Phylogeny"-"Minimun-evoluntion"。7.在菜单栏中选择“Phyligeny”-"Bootetrap Test Of Phylogeny"-"Minimun-parsimony"。8.在菜单栏中选择“Phyligeny”-"Bootstrap Test Of Phylogeny"-"UPGMA"。

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